Pengadilan Tinggi Jayapura  dibentuk berdasarkan Penetapan Presiden (PenPres) Nomor 12 Tahun 1965 Tanggal 22 Mei 1963, Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 42 Tahun 1963, dahulu bernama Pengadilan Tinggi Istimewa Kotabaru berkedudukan di Holandia (Jayapura) yang membawahi Pengadilan Negeri di Wilayah Provinsi Irian Barat. Seiring perkembangan waktu, nama Pengadilan Tinggi Istimewa Kotabaru tersebut terakhir berubah dengan Pengadilan Tinggi Jayapura yang kini meliputi dua Provinsi, yaitu Provinsi Papua dan Provinsi Papua Barat.

Adapun Pengadilan Tinggi Jayapura merupakan salah satu pelaksana Kekuasaan Kehakiman khususnya dalam bidang Penyelenggaraan Peradilan di tingkat banding di Provinsi Papua dan Papua Barat. Sejak berlakunya kebijakan otonomi khusus bagi Provinsi Papua, maka tantangan Pengadilan Tinggi Jayapura sangatlah berat.

Lembaga Peradilan sebagai salah satu pilar demokrasi dituntut untuk mengambil peran dalam konteks ini Pengadilan Tinggi Jayapura selaku Kawal Depan (Voorpost) Mahkamah Agung RI akan mengadakan kebijakan program yang diwujudkan dalam misi dan visi dalam mengemban tugas dan menjawab tantangan beban kerja yang semakin berat.

Seiring dengan pemekaran Provinsi Papua Barat sesuai Undang-Undang Nomor : 45 Tahun 1999 tentang Pembentukkan Provinsi Papua Barat maka Pengadilan Tinggi Jayapura harus segera melakukan Kebijakan Strategis, Peningkatan Kinerja, Pembenahan Sumber Daya Manusia, serta Peningkatan Anggaran maupun Pembangunan Infrastruktur pada Pengadilan Tinggi Jayapura mengingat secara geografis dan sarana transportasi udara sangat dominan yang mengakibatkan biaya tinggi

Sedangkan wilayah hukum Pengadilan Tinggi Jayapura meliputi 2 (dua) Provinsi yaitu Provinsi Papua dan Provinsi Papua Barat yang terdiri dari 34 Kabupaten dan 2 Kota serta 10 Pengadilan Negeri di beberapa Kabupaten / Kota. Adapun Pengadilan Negeri tersebut adalah:

1. Pengadilan Negeri Kelas IA Jayapura
2. Pengadilan Negeri Kelas II Merauke
3. Pengadilan Negeri Kelas II Wamena
4. Pengadilan Negeri Kelas II Biak
5. Pengadilan Negeri Kelas II Kota Timika
6. Pengadilan Negeri Kelas II Serui
7. Pengadilan Negeri Kelas II Nabire
8. Pengadilan Negeri Kelas II Manokwari
9. Pengadilan Negeri Kelas IB Sorong
10. Pengadilan Negeri Kelas II Fak-Fak

Sedangkan kabupaten-kabupaten pemekaran yang sampai saat ini belum terdapat Pengadilan Negeri adalah:

1. Kabupaten Keerom
2. Kabupaten Sarmi
3. Kabupaten Asmat
4. Kabupaten Boven Digoel
5. Kabupaten Mappi
6. Kabupaten Jayawijaya
7. Kabupaten Lanijaya
8. Kabupaten Nduga
9. Kabupaten Tolikara
10. Kabupaten Yalimo
11. Kabupaten Yahukimo
12. Kabupaten Membramo Tengah
13. Kabupaten Pegunungan Bintang
14. Kabupaten Dogiyai
15. Kabupaten Paniai
16. Kabupaten Deiyai
17. Kabupaten Intan Jaya
18. Kabupaten Puncak Jaya
19. Kabupaten Puncak Papua
20. Kabupaten Kepulauan Yapen
21. Kabupaten Waropen
22. Kabupaten Biak Numfor
23. Kabupaten Supiori
24. Kabupaten Teluk Bintuni
25. Kabupaten Telum Wondama
26. Kabupaten Sorong Selatan
27. Kabupaten Raja Ampat
28. Kabupaten Kaimana

DAFTAR NAMA KETUA DARI MASA KE MASA  (Periode 1964 s.d 2017)