Pengelolaan Barang Milik Negara (BMN) diatur dalam Peraturan Pemerintah Nomor 27 Tahun 2014 tentang Pengelolaan Barang Milik Negara/Daerah. Pengadilan Tinggi Jayapura melaksankan pengelolaan Barang Milik Negara berada di bawah kewenangan Sekretaris Pengadilan Tinggi Jayapura selaku Kuasa Pengguna Barang yang ditunjuk oleh Pengguna Barang yaitu Sekretaris Mahkamah Agung RI.

Barang Milik Negara adalah semua barang yang dibeli atau diperoleh atas beban Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara atau berasal dari perolehan lainnya yang sah.Barang Milik Negara meliputi: 

• Barang   yang   dibeli   atau   diperoleh   atas   beban Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara/Daerah;
• Barang yang berasal dari perolehan lainnya yang sah. 

​Barang yang berasal dari perolehan lainnya yang sah meliputi:

• Barang yang diperoleh dari hibah/sumbangan atau yang sejenis;
• Barang yang diperoleh sebagai pelaksanaan dari perjanjian/kontrak
• Barang yang diperoleh sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan
• Barang   yang  diperoleh   berdasarkan   putusan pengadilan yang telah berkekuatan hukum tetap.

Adapun Barang Milik Negara pada Pengadilan Tinggi Jayapura berasal dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara pada Daftar Isian Pelaksanaan Anggaran (DIPA) Pengadilan Tinggi Jayapura, transfer masuk serta dari hibah.

Adapun Barang Milik Negara yang berada dalam pengelolaan satuan kerja Pengadilan Tinggi Jayapura adalah sebagai berikut :